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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">Hi,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">Omar and I were looking at this.  It seems that the SVT calibrations are configured to pickup the conditions set that was last updated instead of using the
 most recently created.  I’m not sure why we did this and I can’t tell when it was configured this way (I think it has always been this way but we are only seeing an issue with it now).  So it is using the wrong conditions set here. 
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">Instead I believe we would want to use this one which I think was originally used for pass0 recon:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">|      7566 |   99999 | svt_calibrations |            20 | phansson   | 2016-02-26 14:42:17 | 2016-02-26 14:42:17 |<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">This issue can be fixed easily for the current version of hps-java by removing a line of code from the SvtCalibration class.  I don’t think this helps with
 the June 2016 jar you are using.  However, if we just set the “updated” date on the conditions set we want it to see manually to the current date, then it should load the correct one.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">For the future though we will change the code so it disambiguates overlapping run ranges by using the conditions set that was most recently created.  That’s
 the default for most conditions anyways.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">--Jeremy<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"> Rafayel Paremuzyan [mailto:rafopar@jlab.org]
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, May 23, 2017 6:13 PM<br>
<b>To:</b> McCormick, Jeremy I.; Graf, Norman A.; Graham, Mathew Thomas<br>
<b>Cc:</b> Omar Moreno; hps-analysis@jlab.org; hps-software<br>
<b>Subject:</b> Re: [Hps-analysis] Test pass1 Status<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Jeremy, all<br>
<br>
maybe it is already not needed, but just in case file locations are below<br>
<br>
======== Log output for today's runs Run 7796.20 ================ <br>
/lustre/expphy/work/hallb/hps/data/physrun2016/tpass1/logs/hps_007796.20_R3.9_J8_OS7.err<br>
2017-05-22 21:16:59 [INFO] org.hps.conditions.database.AbstractConditionsObjectConverter getData :: loading conditions set...<br>
id: 324<br>
name: svt_calibrations<br>
runStart: 4823<br>
runEnd: 999999<br>
tableName: svt_calibrations<br>
collectionId: 3<br>
updated: 2016-12-05 22:10:43.0<br>
created: 2015-04-20 02:01:55.0<br>
tag: eng_run<br>
createdBy: omoreno<br>
notes: Pedestals and noise generated using run 4823.<br>
<br>
<br>
June2016 log files for 7786.20 are not preserved, but 8054 which run on Oct 2016 is below,
<br>
same problem exists for 8054 as well.<br>
=========== Log from 8054.27 ==================<br>
/work/hallb/hps/data/physrun2016/pass0/logs/hps_008054.27_R3.9.err<br>
2017-05-22 21:16:59 [INFO] org.hps.conditions.database.AbstractConditionsObjectConverter getData :: loading conditions set...<br>
id: 324<br>
name: svt_calibrations<br>
runStart: 4823<br>
runEnd: 999999<br>
tableName: svt_calibrations<br>
collectionId: 3<br>
updated: 2016-12-05 22:10:43.0<br>
created: 2015-04-20 02:01:55.0<br>
tag: eng_run<br>
createdBy: omoreno<br>
notes: Pedestals and noise generated using run 4823.<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 05/23/2017 08:50 PM, McCormick, Jeremy I. wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">Rafo, can you check in the log file for these jobs what is being loaded for the ‘svt_calibrations’ conditions set and reply with that information?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">It should be printed out during the job initialization.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
<a href="mailto:hps-software@slac.stanford.edu">hps-software@slac.stanford.edu</a> [<a href="mailto:hps-software@slac.stanford.edu">mailto:hps-software@slac.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Rafayel Paremuzyan<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, May 23, 2017 4:34 PM<br>
<b>To:</b> Graf, Norman A.; Graham, Mathew Thomas<br>
<b>Cc:</b> Omar Moreno; <a href="mailto:hps-analysis@jlab.org">hps-analysis@jlab.org</a>; hps-software<br>
<b>Subject:</b> Re: [Hps-analysis] Test pass1 Status</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi All,<br>
<br>
Ok, outputs from Jun2016 recon, and the one from new recon are different.<br>
Reminder that, I have used same jar file, same detector same steering file.<br>
<br>
Attached figures represent comparison of 1st 20K events from file 7796.20<br>
ECal data is almost identical, attached is the cluster_X distribution comparison from two files.<br>
Blue is the June2016 recon file, and red is new recon file.<br>
<br>
SVT data is different, it has more 3D hits and more tracks.<br>
Which is probably causing it to run slower.<br>
<br>
Since both reconstructions use "Same" jar same steering files, same geometry (v4-4),<br>
Then it is probably something has been changed in the Database.<br>
<br>
Probably SVT experts who have modified the database since Jun 2016, can have a look into<br>
to see if there is something that can cause this.<br>
<br>
Rafo<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 05/22/2017 03:46 PM, Graf, Norman A. wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hello Rafo,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I agree that the most concerning issue is the non-reproducibility of the pass0 results.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Norman</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><a name="_MailEndCompose"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></a><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:windowtext">
<a href="mailto:hps-software@slac.stanford.edu">hps-software@slac.stanford.edu</a> [<a href="mailto:hps-software@slac.stanford.edu">mailto:hps-software@slac.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Rafayel Paremuzyan<br>
<b>Sent:</b> Monday, May 22, 2017 12:25 PM<br>
<b>To:</b> Graham, Mathew Thomas <a href="mailto:mgraham@slac.stanford.edu"><mgraham@slac.stanford.edu></a><br>
<b>Cc:</b> Omar Moreno <a href="mailto:email@omarmoreno.net"><email@omarmoreno.net></a>;
<a href="mailto:hps-analysis@jlab.org">hps-analysis@jlab.org</a>; hps-software <a href="mailto:hps-software@slac.stanford.edu">
<hps-software@slac.stanford.edu></a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Hps-analysis] Test pass1 Status</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal">….ARE the occupancies x2 higher???<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">This was just a naive assumption, also I assumed the computing time doesn't linearly depend on occupancies,<br>
I was more wondered, that I can not reproduce the code speed that we had 6 months ago.<br>
<br>
Rafo<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 05/22/2017 03:19 PM, Graham, Mathew Thomas wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">2.3 GeV data recon speed is x2 slower than the 1.05 data recon speed.<br>
This is concerning, but maybe there is a good reason for that, i.e. might be hit occupancies are high etc,<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">….ARE the occupancies x2 higher???<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
but the other thing, that seems puzzling, is recon speed for 2.3 GeV data is now more than x2 slower<br>
using the same hps-java version, same detector, same java version, as we did for pass0.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Ok, that’s legit weird.  <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
Rafo<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 05/22/2017 03:10 PM, Graham, Mathew Thomas wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Sorry to ask a dumb question…but I will anyway.  <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">This is a “2.3 GeV vs 1.05 GeV” issue?  Or an hps-java version issue? <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On May 22, 2017, at 12:05 PM, Omar Moreno <<a href="mailto:email@omarmoreno.net">email@omarmoreno.net</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Jeremy has also profiled the recon before so if Maurik can't do it, I'm sure he can. <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On May 22, 2017 11:46 AM, "Rafayel Paremuzyan" <<a href="mailto:rafopar@jlab.org">rafopar@jlab.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<p class="MsoNormal">Hi Alessandra and all,<br>
<br>
Yes clearly I see that pattern as well,<br>
going to the faster machine (pumpkin1), as Maurik suggested,<br>
recon speed increased, but 2016 recon was about x2 slower than the 2015 recon speed.<br>
I also tried to with -Xms=4000m -Xmx=4000m options, and without that options,<br>
but I didn't notice noticeable speed improvement.<br>
<br>
Another thing that is *concering* is I run<br>
same jar on batch farms, centos6. and centos7, and<br>
can't get same speed as we got during the pass0.<br>
Note, jar is the same,  detector is the same, run number and file number is the same.<br>
Difference is the time when it started to tun (Oct 19 2016 vs May 21 2017)<br>
<br>
If someone is interested to look at job log files<br>
The log file that I run yesterday: /lustre/expphy/work/hallb/hps/data/physrun2016/tpass1/logs/hps_008054.27_pass0XML.err<br>
The log file that run on Oct 19 2016 for pass0 /lustre/expphy/work/hallb/hps/data/physrun2016/pass0/logs/hps_008054.27_R3.9.err<br>
<br>
I have never done profiling with java.<br>
I know Maurik is in workshop, he might not have time to do this,<br>
if someone else is set up doing this, it will probably be useful.<br>
<br>
Also, I noticed /group/hps is full<br>
<br>
Has anyone recently put some data there?<br>
<br>
Rafo <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
On 05/22/2017 04:04 AM, Alessandra Filippi wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Maurik, Rafo and all,<br>
I think that the different Java VM could impact on the absolute speed comparing different machines and jar versions compiled in different times... but I am running the same jar (hps-java 3.10, compiled afresh at slac on rhel6-64, jvm 1.7.0) on 2015 and 2016
 data, and the factor ~2 of speed decrease for newer data is striking (whichever geometry version).<br>
About garbage collection, I don't use any flag in compilation, so it acts in default mode in both cases.<br>
<br>
Are 2016 data affected by more noisy hits that could extend the reconstruction time over testing all different strategies, to your knowledge?<br>
cheers<br>
    Alessandra<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On Sun, 21 May 2017, Maurik Holtrop wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">Hello Rafo,<br>
One thing that probably is different between the last time we ran with the 3.8 jar and now<br>
is a different version of the Java VM. It could well be that the newer version of Java is<br>
not faster. Also, it is tricky to compare Endeavour with the Jlab farm computers. They are<br>
probably not equivalent in speed. At UNH, Pumpkin has the more modern processors, whereas<br>
Endeavour is now ~5 years old.<br>
<br>
Best,<br>
Maurik<br>
<br>
      On May 21, 2017, at 6:54 AM, Rafayel Paremuzyan <<a href="mailto:rafopar@jlab.org" target="_blank">rafopar@jlab.org</a>> wrote:<br>
<br>
Hi Alessandra, Norman, all<br>
<br>
thank you for replay and your tests.<br>
<br>
I tested both 2015 and 2016 data using v4-4 detector on UNH computers.<br>
I have use 3.8 JAR (the jar for 2015 pass6). 3.9 JAR (the jar for 2016 pass0 recon),<br>
and the NEW jar v051717 (the newest jar tag is v051717)<br>
<br>
Ok, I also noticed that recon of 2015 data is faster that 2016 data.<br>
Also seems the new jar is 20% slower than the 3.9 jar for 2016 data, and about 60%<br>
slower for 2015 data.<br>
now recon speed is about 2.55 EV/S for 2015 data, This is too slow<br>
it cause more than 40h for a single file.<br>
<br>
Ths is summary of code speeds with different jar files<br>
V4-4 Detector, UNH (endeavour), 5K events are reconstructed<br>
<br>
Events per second<br>
Events per second<br>
Events per second<br>
<br>
3.8JAR (2015 recon jar)<br>
3.9JAR, 2016 pass0 recon jar<br>
v051717JAR, jar vor tpass1<br>
2015 Data 5772, file 20<br>
5.07<br>
5.19<br>
3.157<br>
2016 Data file 25<br>
<br>
3.11<br>
2.53<br>
<br>
*However* I looked into job Wall times for pass0 recon.<br>
The recon speed is more than 7.4 Events/sec, which is about x3 faster than with the<br>
new JAR.<br>
<br>
I again checked *same 3.9 jar*, which is slower again.<br>
I don't know why now the code speed is so low!<br>
<br>
<br>
Norman, I have tried the "-DdisableSvtAlignmentConstants", but it didn't work<br>
<br>
=================The command===============<br>
java -XX:+UseSerialGC -cp hps-distribution-3.11-v051717-bin.jar<br>
org.hps.evio.EvioToLcio -x /org/hps/steering/recon/PhysicsRun2016FullRecon.lcsim -r<br>
-d HPS-PhysicsRun2016-v5-3-fieldmap_globalAlign -R 7796 -DoutputFile=out_7796_0<br>
-DdisableSvtAlignmentConstants hps_007796.evio.25 -n 10000<br>
<br>
============The error backtrache============<br>
2017-05-21 00:45:39 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse :: using steering<br>
resource /org/hps/steering/recon/PhysicsRun2016FullRecon.lcsim<br>
2017-05-21 00:45:39 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse :: set max events to<br>
10000<br>
2017-05-21 00:45:48 [INFO] org.hps.rundb.RunManager <init> :: ConnectionParameters {<br>
database: hps_run_db_v2, hostname: <a href="http://hpsdb.jlab.org/" target="_blank">
hpsdb.jlab.org</a>, password: darkphoton, port: 3306,<br>
user: hpsuser }<br>
2017-05-21 00:45:48 [CONFIG] org.lcsim.job.JobControlManager addVariableDefinition<br>
:: outputFile = out_7796_0<br>
2017-05-21 00:45:48 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse :: set steering variable:<br>
outputFile=out_7796_0<br>
2017-05-21 00:45:48 [SEVERE] org.hps.evio.EvioToLcio parse :: bad variable format:<br>
disableSvtAlignmentConstants<br>
java.lang.IllegalArgumentException: Bad variable format:<br>
disableSvtAlignmentConstants<br>
        at org.hps.evio.EvioToLcio.parse(EvioToLcio.java:393)<br>
        at org.hps.evio.EvioToLcio.main(EvioToLcio.java:97)<br>
<br>
Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Bad variable format:<br>
disableSvtAlignmentConstants<br>
        at org.hps.evio.EvioToLcio.parse(EvioToLcio.java:393)<br>
        at org.hps.evio.EvioToLcio.main(EvioToLcio.java:97)<br>
<br>
Rafo<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 05/20/2017 06:17 AM, Alessandra Filippi wrote:<br>
      Hi Rafo, all,<br>
      I also noticed that the reconstruction for 2016 data is about twice as<br>
      slow as compared to 2015 (whichever geometry and reconstruction<br>
      version).<br>
      This happens when I run the aligned geometry as well as the "current"<br>
      one (v5.0), and the geometry taken from the db as well (the result is<br>
      the same as v5.0). I did not make any test with v4.4, though - actually<br>
      as far as svt alignment is concerned it should be the same as v5.0. Can<br>
      you please try and make the same short test with the newest jar with<br>
      v4.4?<br>
      This happens to me both with hps-java 5.10 and 5.11 (not the most<br>
      updated one).<br>
<br>
      I would be surprised if it could be something connected to the<br>
      alignment, unless for some reason new positions and harder tracks<br>
      trigger some long loops in the reconstruction. But this happens (to me)<br>
      also with the<br>
      standard geometry, so a check with the one used with pass0 (that should<br>
      however be equivalent to v5.0) could at least help to rule out, or blame<br>
      on, the alignment step.<br>
      Thanks, cheers<br>
          Alessandra<br>
<br>
<br>
      ps. make also sure that the correct fieldmap is called in all the<br>
      compact files - you never know!<br>
<br>
<br>
<br>
      On Fri, 19 May 2017, Rafayel Paremuzyan wrote:<br>
<br>
            Hi All,<br>
<br>
            During the testing the recon for test pass1,<br>
            I noticed the recon time is more than x2 longer wrt pass0<br>
            recon time.<br>
<br>
            To demonstrate it<br>
            I submit 3 simple jobs with 10K events to reconstruct, with<br>
            new pass1 xml<br>
            file (this has the new jar v051717, and the new detector<br>
            HPS-PhysicsRun2016-v5-3-fieldmap_globalAlign),<br>
            and the old pass0 xml file (pass0 jar release 3.9, and the<br>
            detector<br>
            HPS-PhysicsRun2016-Nominal-v4-4-fieldmap)<br>
<br>
            Below is a printout from the jobs with a new JAR, v051717,<br>
            the average time<br>
            for 1000 events is more than 7 minutes<br>
            ===================== LOG from the v051717 JAR<br>
            ==============================<br>
            2017-05-19 09:36:51 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10614074 with sequence 0<br>
            2017-05-19 09:43:13 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10615074 with sequence 1000<br>
            2017-05-19 09:49:18 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10616074 with sequence 2000<br>
            2017-05-19 09:55:54 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10617074 with sequence 3000<br>
            2017-05-19 10:02:55 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10618074 with sequence 4000<br>
            2017-05-19 10:09:57 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10619074 with sequence 5000<br>
            2017-05-19 10:16:13 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10620074 with sequence 6000<br>
            2017-05-19 10:25:20 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10621074 with sequence 7000<br>
            2017-05-19 10:32:56 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10622074 with sequence 8000<br>
            2017-05-19 10:36:19 [WARNING]<br>
            org.hps.recon.tracking.TrackerReconDriver<br>
            process :: Discarding track with bad HelicalTrackHit<br>
            (correction distance<br>
            0.000000, chisq penalty 0.000000)<br>
            2017-05-19 10:42:03 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10623074 with sequence 9000<br>
            2017-05-19 10:47:44 [INFO] org.hps.evio.EvioToLcio run ::<br>
            maxEvents 10000<br>
            was reached<br>
            2017-05-19 10:47:44 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            endOfData ::<br>
            10000 events processed in job.<br>
            2017-05-19 10:47:44 [INFO] org.hps.evio.EvioToLcio run ::<br>
            Job finished<br>
            successfully!<br>
<br>
<br>
            And below is the Job log info from the pass0 jar. The<br>
            average time for 1000<br>
            events is less than 3 minutes<br>
            ===================== LOG from the 3.9 release JAR<br>
            ==============================<br>
            2017-05-19 13:19:46 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10614074 with sequence 0<br>
            2017-05-19 13:23:36 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10615074 with sequence 1000<br>
            2017-05-19 13:27:03 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10616074 with sequence 2000<br>
            2017-05-19 13:30:40 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10617074 with sequence 3000<br>
            2017-05-19 13:34:20 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10618074 with sequence 4000<br>
            2017-05-19 13:38:11 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10619074 with sequence 5000<br>
            2017-05-19 13:41:43 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10620074 with sequence 6000<br>
            2017-05-19 13:45:54 [WARNING]<br>
            org.hps.recon.tracking.TrackerReconDriver<br>
            process :: Discarding track with bad HelicalTrackHit<br>
            (correction distance<br>
            0.000000, chisq penalty 0.000000)<br>
            2017-05-19 13:46:05 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10621074 with sequence 7000<br>
            2017-05-19 13:50:08 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10622074 with sequence 8000<br>
            2017-05-19 13:55:03 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            process :: Event<br>
            10623074 with sequence 9000<br>
            2017-05-19 13:58:27 [INFO] org.hps.evio.EvioToLcio run ::<br>
            maxEvents 10000<br>
            was reached<br>
            2017-05-19 13:58:27 [INFO] org.lcsim.job.EventMarkerDriver<br>
            endOfData ::<br>
            10000 events processed in job.<br>
            2017-05-19 13:58:27 [INFO] org.hps.evio.EvioToLcio run ::<br>
            Job finished<br>
            successfully!<br>
<br>
            I also tried to do reconstruction by myself interactively,<br>
            but I am getting<br>
            error below,<br>
<br>
            The command<br>
            /apps/scicomp/java/jdk1.7/bin/java -XX:+UseSerialGC -cp<br>
            hps-distribution-3.9-bin.jar org.hps.evio.EvioToLcio -x<br>
/org/hps/steering/recon/PhysicsRun2016FullRecon.lcsim -r -d<br>
            HPS-PhysicsRun2016-v5-3-fieldmap_globalAlign -R 7796<br>
            -DoutputFile=out_7796_0<br>
            hps_007796.evio.0 -n 10000<br>
<br>
            The Error traceback<br>
            017-05-19 14:58:44 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse ::<br>
            using steering<br>
            resource<br>
/org/hps/steering/recon/PhysicsRun2016FullRecon.lcsim<br>
            2017-05-19 14:58:44 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse<br>
            :: set max events<br>
            to 10000<br>
            2017-05-19 14:58:45 [CONFIG]<br>
            org.lcsim.job.JobControlManager<br>
            addVariableDefinition :: outputFile = out_7796_0<br>
            2017-05-19 14:58:45 [CONFIG] org.hps.evio.EvioToLcio parse<br>
            :: set steering<br>
            variable: outputFile=out_7796_0<br>
            2017-05-19 14:58:45 [CONFIG] org.lcsim.job.JobControlManager<br>
            initializeLoop<br>
            :: initializing LCSim loop<br>
            2017-05-19 14:58:45 [CONFIG] org.lcsim.job.JobControlManager<br>
            initializeLoop<br>
            :: Event marker printing disabled.<br>
            2017-05-19 14:58:45 [INFO]<br>
org.hps.conditions.database.DatabaseConditionsManager<br>
            resetInstance ::<br>
            DatabaseConditionsManager instance is reset<br>
            Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError:<br>
/u/apps/scicomp/java/jdk1.7.0_75/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so:<br>
            libXext.so.6:<br>
            cannot open shared object file: No such file or directory<br>
                    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native<br>
            Method)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary1(ClassLoader.java:1965)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1890)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1851)<br>
                    at java.lang.Runtime.load0(Runtime.java:795)<br>
                    at java.lang.System.load(System.java:1062)<br>
                    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native<br>
            Method)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary1(ClassLoader.java:1965)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1890)<br>
                    at<br>
java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1872)<br>
                    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:849)<br>
                    at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1088)<br>
                    at<br>
sun.security.action.LoadLibraryAction.run(LoadLibraryAction.java:67)<br>
                    at<br>
sun.security.action.LoadLibraryAction.run(LoadLibraryAction.java:47)<br>
                    at<br>
            java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)<br>
                    at<br>
            java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1653)<br>
                    at java.awt.Toolkit.<clinit>(Toolkit.java:1682)<br>
                    at java.awt.Component.<clinit>(Component.java:595)<br>
                    at org.lcsim.util.aida.AIDA.<init>(AIDA.java:68)<br>
                    at<br>
org.lcsim.util.aida.AIDA.defaultInstance(AIDA.java:53)<br>
                    at<br>
org.hps.evio.RfFitterDriver.<init>(RfFitterDriver.java:31)<br>
                    at<br>
sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native<br>
            Method)<br>
        atsun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(NativeConstructorAcce<br>
            ssorImpl.java:57)<br>
        atsun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(DelegatingConstru<br>
            ctorAccessorImpl.java:45)<br>
                    at<br>
java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Constructor.java:526)<br>
                    at java.lang.Class.newInstance(Class.java:379)<br>
                    at<br>
org.lcsim.job.JobControlManager.setupDrivers(JobControlManager.java:1199) <br>
                    at<br>
org.hps.job.JobManager.setupDrivers(JobManager.java:82)<br>
                    at<br>
org.lcsim.job.JobControlManager.setup(JobControlManager.java:1052)<br>
                    at<br>
org.lcsim.job.JobControlManager.setup(JobControlManager.java:1110)<br>
                    at<br>
            org.hps.evio.EvioToLcio.parse(EvioToLcio.java:407)<br>
                    at org.hps.evio.EvioToLcio.main(EvioToLcio.java:97)<br>
<br>
<br>
<br>
            I see this library libXext.so.6: in /usr/lib64, but not in<br>
            /usr/lib,<br>
            when I put /usr/lib64 in my LD_LIBRARY_PATH, then it<br>
            complaines again (see<br>
            below)<br>
<br>
            Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError:<br>
/u/apps/scicomp/java/jdk1.7.0_75/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so:<br>
            libXext.so.6:<br>
            wrong ELF class: ELFCLASS64<br>
<br>
            I would appreciate, if I get some help on running the<br>
            reconstruction<br>
            interactively, then I could look more closely into logs<br>
            of the old, and new JAR files.<br>
<br>
            Rafo<br>
<br>
<br>
____________________________________________________________________________ <br>
<br>
            Use REPLY-ALL to reply to list<br>
<br>
            To unsubscribe from the HPS-SOFTWARE list, click the<br>
            following link:<br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin</a>
<br>
_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDaQ&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu
<br>
18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=xnbGP5VHYWRAQRWRksVgMnYvBkXWI4roLxztdJ0Tp9I&s=ppNYedSrn5DP
<br>
            aIZZJgRZu8tBDeSjroqbj_PoevFoFpI&e=<br>
<br>
<br>
<br>
########################################################################<br>
      Use REPLY-ALL to reply to list<br>
<br>
      To unsubscribe from the HPS-SOFTWARE list, click the following link:<br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin</a>
<br>
_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDaQ&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu
<br>
18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=xnbGP5VHYWRAQRWRksVgMnYvBkXWI4roLxztdJ0Tp9I&s=ppNYedSrn5DP
<br>
      aIZZJgRZu8tBDeSjroqbj_PoevFoFpI&e=<br>
<br>
<br>
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Use REPLY-ALL to reply to list<br>
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To unsubscribe from the HPS-SOFTWARE list, click the following link:<o:p></o:p></p>
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<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDbA&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=nIEvNWJSNxvmECWKfMrVKMTZKNdym3zsAls7WG1fdfU&s=cI82nYRtYBzgLs1l5g3anHrSt0kPk4B98oUzllu5KfQ&e=" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDbA&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=nIEvNWJSNxvmECWKfMrVKMTZKNdym3zsAls7WG1fdfU&s=cI82nYRtYBzgLs1l5g3anHrSt0kPk4B98oUzllu5KfQ&e=</a>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
########################################################################<br>
Use REPLY-ALL to reply to list<br>
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</div>
<p class="MsoNormal"><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDbA&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=nIEvNWJSNxvmECWKfMrVKMTZKNdym3zsAls7WG1fdfU&s=cI82nYRtYBzgLs1l5g3anHrSt0kPk4B98oUzllu5KfQ&e=" target="_blank">https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwIDbA&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=nIEvNWJSNxvmECWKfMrVKMTZKNdym3zsAls7WG1fdfU&s=cI82nYRtYBzgLs1l5g3anHrSt0kPk4B98oUzllu5KfQ&e=</a>
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Hps-analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Hps-analysis@jlab.org" target="_blank">Hps-analysis@jlab.org</a><br>
<a href="https://mailman.jlab.org/mailman/listinfo/hps-analysis" target="_blank">https://mailman.jlab.org/mailman/listinfo/hps-analysis</a><o:p></o:p></p>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">_______________________________________________<br>
Hps-analysis mailing list<br>
<a href="mailto:Hps-analysis@jlab.org">Hps-analysis@jlab.org</a><br>
<a href="https://mailman.jlab.org/mailman/listinfo/hps-analysis">https://mailman.jlab.org/mailman/listinfo/hps-analysis</a><o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <o:p></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="3" width="100%" align="center">
</div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Use REPLY-ALL to reply to list<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" align="center" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto;text-align:center">
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<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__listserv.slac.stanford.edu_cgi-2Dbin_wa-3FSUBED1-3DHPS-2DSOFTWARE-26A-3D1&d=DwMGaQ&c=lz9TcOasaINaaC3U7FbMev2lsutwpI4--09aP8Lu18s&r=0HDJrGO9TZQTE97J9Abt2A&m=yktqxWZIxrOJDj0GcxtXMdIm5S6CzoD5o_bfENc8yOA&s=9UGWhMTkreQfG7iEUol-dsVGExrJm-lRdRBfTmh68jU&e=" target="_blank">https://listserv.slac.stanford.edu/cgi-bin/wa?SUBED1=HPS-SOFTWARE&A=1</a>
<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"> <o:p></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="3" width="100%" align="center">
</div>
<p>Use REPLY-ALL to reply to list<o:p></o:p></p>
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<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"> </span><o:p></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="color:windowtext">
<hr size="3" width="100%" align="center">
</span></div>
<p><span style="color:windowtext">Use REPLY-ALL to reply to list</span><o:p></o:p></p>
<p align="center" style="text-align:center"><span style="color:windowtext">To unsubscribe from the HPS-SOFTWARE list, click the following link:<br>
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</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</div>
<p>Use REPLY-ALL to reply to list<o:p></o:p></p>
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<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"> </span><o:p></o:p></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="color:windowtext">
<hr size="2" width="100%" align="center">
</span></div>
<p>Use REPLY-ALL to reply to list<o:p></o:p></p>
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<o:p></o:p></p>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>